1945年，对日本领导人的战争罪行进行审判的机构正在缓慢形成，起诉和逮捕在难以预料的时间一波波到来。9月11日，宣布了对第一批战犯嫌疑人的逮捕，接着是不祥的平静，直到11月19日第二批逮捕令发布。12月的第一周，许多军部高官和官僚们被添加到了“甲级”战犯嫌疑人的行列，包括前首相近卫文和天皇身边最亲近的内大臣木户幸一等人。12月6日，杜鲁门总统任命的首席检察官约瑟夫·基南(Joseph Keenan)，带领40名部下抵达东京。
两天后，麦克阿瑟为日益临近的审判设立了国际检察局(IPS)。依照日本历，这一天正是珍珠港袭击4周年。1946年1月19日，盟军最高司令官(SCAP)宣布，远东国际军事法庭正式成立。至于哪些被告将首先被带上法庭接受审判，直到3月11日才宣布。审判开始于5月3日。直到此时，最高统帅部和国际检察局在理论上仍然有可能起诉裕仁天皇的战争罪行。
在宫廷圈内，天皇是战争罪犯的观念自然是不可想象的，但是天皇应当对战争和战败承担一定责任的想法，却是被认真考虑的。在最高统帅部表明其立场——坚决反对除利用裕仁之外的任何政策之前，天皇本人曾有过这样的考虑。8月29日，在胜利者踏上这片神国的土地的前一天，天皇对木户幸一谈到了退位的问题，认为可以将此作为免除他忠诚的大臣和陆海军将领们的战争责任的方法。木户告知天皇这并不可取。9月中，在天皇知情的情况下，天皇的内叔父东久迩宫率内阁秘密讨论其退位事宜。尽管有些阁僚力争天皇对战争并不负有宪法责任，但有其他大臣强调，天皇对国家、战死者和战争遗属负有战败的道义上的责任。
10月的第一周，东久迩宫首相私下会见了他的侄婿裕仁，并劝其退位。东久迩宫表示，愿意放弃自身的皇族地位。据称他的提议被驳回了，理由是“时机未到”。几周后，裕仁语调平淡地告诉他的侍从次长说，万一退位的话，他希望找到一位有才能的研究者，协助他的海洋生物学研究(这是数年前，天皇为树立其真正“现代人”的形象，自己选择的学问领域)。
1月4日，有关战争罪行的公众舆论升温，对煽动军国主义和极端民族主义的任职者开始大范围的“彻底的”清查。天皇让木户幸一的继任者侍从长藤田尚德调查，时下最高司令部是否希望他退位。藤田对此表示反对。裕仁一直热心于研究历代天皇的先例，1月下旬他让学者为他讲授宇多天皇让位之事。宇多天皇887—897年在位，于31岁时退位。裕仁还将英王室看作是现代皇室礼仪的参考典范，让官员扼要汇报英王退位的惯例。
天皇退位的话题很快泄露给了媒体。1945年10月下旬，近卫公爵公然提起天皇退位的可能性，然后又迫于内阁压力发表了修正声明，引起骚动。
近卫公爵不同寻常地直率表示，天皇在未能回避与美国的战争以及未能尽早终结战争两方面，都负有重大的个人责任。翌年2月27日，这一话题再次跃入公众的视野。据《读卖报知》报道，前首相东久迩宫向一位美联社记者透露，最高层正在认真讨论天皇的退位问题。如果裕仁自己选择退位，将会得到皇室全体的支持。数日后，东久迩宫直接告知日本新闻界，他个人曾经敦促侄婿裕仁考虑退位的三个“适当时机”。尽管第一个时机“当投降文件签署之时”已经错过，另外两个适当的时机还未到来。照东久迩宫看来，裕仁应当在宪法修正之时或是占领期结束、和平条约缔结之日考虑退位。新闻界甚至推测最有可能的是天皇之弟高松宫摄政，直至皇太子成人。
《读卖报知》耸人听闻的报道，倒是与宫内省枢密院的紧急会议上提出的观点一致。会上，天皇31岁的幼弟三笠宫，间接敦促天皇为战败负责。三笠宫力劝，政府和皇室总体上必须超脱“旧式的思考”，“于今采取大胆的行动”。厚生省大臣(后来的首相)芦田均当时在场，他在日记中写道，“似乎每个人都在思考”三笠宫的话，而“天皇陛下忧虑的脸色从未如此苍白”。
尽管如此忧虑，天皇显然大约正是此时决定不退位。他对侍从次长木下道雄说，他怀疑任何人有资格接替他的位置。他的三个兄弟，高松宫曾是公然的“参战派”，秩父宫体弱多病，三笠宫太年轻缺乏经验(三笠宫现年31岁，比裕仁1921年摄政时的年龄大11岁)。天皇告诉木下，他遗憾叔父不大注意面对新闻界的言辞。
政治和思想领域的著名人士们，开始发言支持天皇退位。新近任命的东京帝国大学校长、自由主义者、基督教教育家南原繁，在总体上对天皇制进行了善意的评价，但是主张裕仁应该因道义原因退位。辅佐近卫起草明治宪法修正案的保守的宪法学者佐佐木忽一，也以道义的理由赞成天皇退位。严格的保守派哲学家田边元，对佛教概念“忏悔”进行了深入的阐释，希望天皇引退而成为贫与无的象征。他还敦劝将皇室财产用于救济贫困的人。
对裕仁退位最轰动的公开呼吁，是著名诗人三好达治的一篇文章。这篇文章发表于1946年6月号的《新潮》杂志。三好达治解释说，他并非是认同东京战犯审判的支持者们对战争责任的看法，即天皇对侵略和暴行负有直接的、政策决定上的责任，但是也不接受天皇支持者们所推出的热爱和平而又无助的仁慈君主的形象。他强调说，问题在于，“这并不仅是战败的责任问题”。三好以不同寻常的强硬口气，谴责天皇“对自身职责甚为怠慢”，并且“负有对战场上为他捐躯的忠良将士背信的责任”。
三好宣称，天皇曾是大元帅，却未能制止军阀者流的横行。天皇以家长的口吻呼臣民为“赤子”，却驱策明知道将会失去控制的陆海军士兵赴死。作为国家元首，他现在应当由自己承担起这场灾难的责任，树立道德的典范。天皇在战时的统率，无论在大势判断、临机应对、起用人才、体察民情，还是把握时机终止战争方面，都是无能的。既然天皇已经宣布自己不是“现人神”，那么他现在就应当像个凡人那样退位。
假使占领军当局选择敦促裕仁退位的话，显然不会有任何不可逾越的障碍存在。天皇近侧的人士也承认这一点。而且可悲的是，公众将如同接受战败本身那样，轻易接受天皇的退位宣言。保守派则会将天皇的退位正当化，并且借此对天皇制的道义的高洁再次加以确认。天皇制民主仍然会在新君主的统治下发扬光大，而裕仁悲惨的昭和时代(如此反讽的命名，“昭和”两字原本意味着“光辉与和平”)将会落幕，“战争责任”问题则会显得一片光明。
当然，麦克阿瑟及其助手对局势有不同的理解，并且对日本方面表明了自己的立场。11月26日，原海军大将、总理大臣、天皇的心腹米内光政，恳请麦克阿瑟对天皇退位发表见解，最高司令官回复说，此举并无必要。
一个月后，宫中与最高司令部之间的日本联络官报告说，民间情报教育局(CI&E)局长戴克(Dyke)准将建议，为转移公众注意，天皇可以离开东京，将宫廷移到京都。十九世纪中叶以前，那里一直是皇家的传统地盘。翌日，三位与民间情报教育局有关系的日本人，给侍从次长木下道雄带来了一份值得注意的、长长的备忘录，总结了戴克准将有关“皇室的问题”的见解。文件开篇就坦率主张，维护天皇对于建设民主的日本是绝对必要的。
1946年3月初，侍从次长被告知，菲勒斯将军担心天皇周围的“可笑之人”，给予天皇坏的建议。这大概不仅是指皇室的异端人物东久迩宫和三笠宫，还包括给天皇安排关于宇多天皇退位与英国国王退位讲义的宫廷顾问们。菲勒斯告诉米内大将，“非美国的思想”正甚嚣尘上，甚至在美国上层，要求逮捕裕仁接受战犯审判的呼声依然具有影响力。
3月20日，菲勒斯邀请寺崎英成、寺崎的妻子(菲勒斯的堂姊妹)格温(Gwen)和他们的小女儿晚宴。饭后，身为天皇近侍的寺崎，直率地询问麦克阿瑟对天皇退位的想法。菲勒斯先是指出自己不能为麦克阿瑟代言，然后强调说，麦克阿瑟是天皇“真正的朋友”。他告诉寺崎，麦克阿瑟将军近来已经知会华盛顿方面，假使天皇被起诉，日本将陷于混乱，届时就需要大幅度增加占领军的规模。即使天皇对战争负有“技术上的”责任，他仍然抱持这样的观点。至于说到退位，可能还会围绕继位的各种问题引发混乱。因此，菲勒斯相信麦克阿瑟不希望裕仁退位。寺崎询问，最高司令官是否可以公开表达自己的立场，以制止新闻界“不谨慎的所谓天皇退位论”，从而使日本国民感受到“乌云”散去，重见“天日”。菲勒斯回应说，这将甚为困难。
菲勒斯向天皇的近侍透露的，是麦克阿瑟发给美国陆军参谋长艾森豪威尔(Dwight D.Eisenhower)将军的机密电报的要旨。在这封回应华盛顿要求调查天皇战争责任的电报中，麦克阿瑟全力以赴地为天皇辩护。1月25 日，最高司令官致电艾森豪威尔，“调查已经实施”，未发现过去10年间裕仁与日本的政治决策相关联的证据。麦克阿瑟将天皇描述为“日本国民团结的象征”，并且警告说，如果天皇被起诉，日本将遭受“极大的动乱”、“分裂”，“数百年都难以完结的……民族间的仇杀”。政府机构将会崩溃，“开明的实践将会停止”，游击战将会打响，引进现代民主的所有希望将会破灭。而一旦占领军离去，“将会由被损害的大众中产生某种共产主义路线的强力统治”。
在战犯审判正式开始之前，最高统帅部、国际检察局(IPS)和日本官僚们在幕后操作，不仅防止裕仁被起诉，而且歪曲被告们的证词，以确保没有人会牵涉到天皇。原海军大将和首相米内光政，遵照菲勒斯的建议，显然警告过东条英机不要以任何方式归罪于天皇。然而，这种决定审判性质的日美协作还远不止此。日本宫廷和政府的高官与最高司令部协作完成战争嫌犯名单，最终以“甲级”战犯嫌疑逮捕百名著名人士(其中仅有28人被起诉)，并且在公判期间监禁于巢鸭拘留所，让他们独立宣誓保护其君主不负任何战争的责任。1947年12月31日，这种紧密维持的日美协同作业，为东条英机的法庭证言所证实。东条暂时偏离了天皇无辜的既定协议路线，提到了天皇的最终决定权。美国主导的“检察当局”立即做出安排，秘密指导东条，让其撤回证言。
这些将天皇剥离于任何战争责任的努力，超出了天皇自身的期望，导致失去了利用他澄清历史记录的机会。
成功赦免天皇战争责任的行动毫无限度。裕仁不仅以无辜的面目出现，摆脱了任何可作为战犯起诉的正式行为，他还被打造成了近乎圣洁的人物，甚至对战争不负有道义责任。
对于思虑更深的内部人士来说，这样的实用主义就更令人苦恼。例如，在1946年初写给杜鲁门总统的长篇报告中，美国国务院驻东京代表乔治·艾切森(George Atcheson)直率地陈述他的主张：“天皇是个战争罪犯”，而且“如果日本想要实现真正的民主，就必须废除天皇制”。尽管如此，艾切森也相信，在当前的局势下，维持天皇制、免除裕仁的战争责任，才能避免社会的混乱和最好地发挥民主。他大胆进言，天皇退位可能是将来的善策，但是最好推迟到宪法修正实现之日。
此后不久，艾切森就在一次飞机失事中殒命，没能见证后来的天皇退位风波。尽管1946年9月日本政府正式宣布天皇现时无意退位，但是他退位的可能性在此后两度重现。1948年，当东京审判临近判决之时，天皇的道义责任问题被旧事重提。
美国人照常要压制天皇退位的主张。1948年7月，尽管菲勒斯已经退休，并且于一年多之前就离开了日本，他还是火速给寺崎写了一封私人信函，表达他对“美国新闻频繁言及陛下退位”的警戒。
天皇的心腹老友木户幸一曾经告诉他要一直准备着的时刻。木户在1945年12月离别天皇入狱之时强调说，皇室的荣誉，要求裕仁负起败战的责任，但是只有当占领军撤退、和平条约缔结、日本恢复主权之日，才是履行责任的适当时机。1951年10月，仍在服刑期间的木户幸一，在日记中记录了他曾经给天皇写信，重申以上观点。他忠告说，退位是“服从真实”的行为。它将安慰包括被处刑的战犯家人在内的战争遗属，并且“对以皇室为中心的国民团结做出重大的贡献”。木户写道，如果天皇未能把握此次时机，“最终结果将是唯独皇室不承担责任，这将导致莫名的情绪滋生，可能会种下永久的祸根”。
木户幸一对天皇的战争责任的见解，与大多数日本人一样，是内心的真实想法。天皇应当“为战败”承担责任。他应当清算历史，并向以他之名发动的战争中受苦、死去或失掉亲人的臣民谢罪。以此方式，他将会清除在日本历史上最恐怖的时期中沾染在天皇宝座上的血迹。
然而时运往复，这次并没有麦克阿瑟这样的铁杆儿人物撑腰。11月，消息传回木户那里，天皇正认真考虑退位，并且再次受到周围人士的鼓励。结果什么也没有发生。在迎接盼望已久的主权回归的致辞中，天皇表明了他继续在位的意向，丝毫也没有提到他个人的战争责任，尽管在原先的文本中包含了“朕为败战的责任向国民深为致歉”的表示。为何谢罪的言辞最终被删除?因为，据说天皇被一位顾问的巧妙设问所说服：“现在陛下还何须以如此强烈的语气谢罪呢?”
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