1946年初，阎锡山对所属晋军进行整编，由原来4个集团军、8个军、24个师整编为3个集团军、5个军、15个师，另有直属及特种部队。其主要编制序列如下：

阎锡山军队整编后部队编制序列(1946 年)

第六集团军 总司令 王靖国 副总 刘奉滨

第61军 军长 王靖国

第66师 师长 娄福生

第69师 师长 周建祉

第72师 师长 艾子谦

第七集团军 总司令 赵承绶 副总 于镇河

第19军 军长 杨爱源

第68师 师长 许鸿林

暂编第37师 师长 雷仰温

暂编第40师 师长 王乾元

第33军 军长赵承绶

第71师 师长 沈瑞

暂编第38师 师长 韩步洲

暂编第46师 师长 陈震东

第8集团军 总司令 孙楚 副总 楚溪春

第34军 军长 孙楚

第73师 师长 高倬之

暂编第44师 师长 卫玉崑

暂编第45师 师长 赵恭

第43军 军长楚溪春

第70师 师长 刘效曾

暂编第39师 师长 贾宗宣

暂编第49师 师长 赵世玲

第8总队 总队长 赵瑞

第9总队 总队长 荆宣

炮兵指挥处 指挥 高斌

野炮营

重迫炮团

工程兵 司令 程继宗

工兵第1团

工兵第2团

特务团、机枪团、机甲队

1946年7月，晋阎与胡宗南的中央军联合向晋南解放区发动疯狂进攻。揭开了山西境内全面内战的序幕。解放军先后发动了闻喜战役、 同蒲战役、临蒲战役、晋北战役、大同战役和汾孝战役等，消灭了蒋军和晋军大部。1947年3月，蒋介石向解放区的全面进攻彻底失败后，被迫改为向山东和陕北解放区重点进攻。

为粉碎蒋介石的重点进攻，配合陕北解放区的作战。解放军太岳、晋绥军区部队从4月起在山西战场上接连发动了晋南、乡宁、正太、运城等几个战役，歼灭了晋军的大量有生力量，解放了大片地区。

1949年初，北平和平解放。阎锡山看到统治山西的末日将临，从太原逃往南京。4月20日，解放军向太原城外各要点发起攻击，至24日全歼太原守军13.5万余人。4月29日，第7集团军司令于镇河在大同率部投诚，大同宣告和平解放。至此，阎锡山的军事集团全部覆灭。阎锡山在山西执掌38年之久的政权被彻底摧毁。

太原解放后，阎锡山并不甘心于自己的失败。他借蒋、李之间的矛盾，于6月13日出任国民政府行政院长兼国防部长。12月8日，阎锡山带领他的“政府”从成都飞往台湾。1960年5月23日，阎锡山病死于台北。

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