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自古以来，便有“太子者，国之根本”之说，而在册立太子之时，则一贯坚持“立嫡立长”的原则。然而，明神宗朱翊钧因长子朱常洛是宫女所生而不喜，又因宠爱郑贵妃，便想废长立幼以郑贵妃之子朱常洵为太子，却遭到朝中大臣的激烈反对，就此引发了长达二十九年的国本之争。
一夜风流偶得长子，明神宗事后却不想认账
万历九年(1581年)的一天，年仅18岁的明神宗前往慈宁宫向慈圣皇太后请安，却没想到太后不在宫中。一时间，精虫上脑的明神宗竟然宠幸了慈宁宫宫女王氏，不过事后朱翊钧便后悔了，他并未按常理赏赐信物给王氏，而是匆匆离开了慈宁宫。
朱翊钧自感此事不太光彩，再加上李太后和首辅张居正平日对其管教甚严，因此明神宗朱翊钧事后根本不愿提及此事，然而却没想到这一次风流，王氏竟然就此珠胎暗结。随着时间的推移，王氏便因体型变化而再也无法隐瞒，只得将事情向李太后和盘托出。
李太后自己也是宫女出身，不仅对王氏的境况深表理解，而且想方设法的让儿子认了此事。一日，李太后趁着与儿子酒宴提起此事，朱翊钧起先还想抵赖，直到李太后命人拿出《内起居注》，朱翊钧这才不得不认。在李太后的劝说下，朱翊钧勉强封王氏为恭妃。
数月之后，王恭妃诞下一子，取名朱常洛。因当时宫中均称宫女为“都人”，明神宗便常常称朱常洛为都人子，由此可见他对这对母子的厌恶。
明神宗意图废长立幼，就此引发国本之争
正所谓母凭子贵，按理来说生下皇长子的王恭妃应该水涨船高，尤其是在皇后并未生子的情况下。然而，就在万历九年(1581年)八月，郑氏通过选秀进入皇宫，并迅速受宠于后宫，三年之内便先后被晋封为淑嫔、德妃、贵妃，与王氏的境遇简直是天壤之别。
万历十四年(1586年)正月，郑贵妃生下朱常洵，朱翊钧对此高兴无比，同年三月便再度晋封郑氏为皇贵妃。也正因此，明神宗朱翊钧竟然起了废长立幼之心，就此引发了长达近三十年的国本之争。
很快，便有流言说明神宗与郑贵妃私下约定，将立郑贵妃之子朱常洵为太子，再联想到申时行曾在朱常洵出生前请立太子而被拒，王恭妃长期未受封，而郑贵妃刚刚生子便被晋封皇贵妃等事，立即便引起了朝臣们的警觉。
废长立幼不仅违背了自古以来的“立嫡立长”原则，更是违背了朱元璋在《皇明祖训》中的祖制，立即引爆了朝堂。就在郑贵妃被册封的当天，户科给事中姜应麟、吏部员外郎沈璟等人便纷纷上书请立太子，其中姜应麟措辞极为激烈，直接激怒朱翊钧，被贬为大同广昌典史。
朱翊钧的打压不仅没能压制住朝臣，反而激起了朝臣的斗志，吏部员外郎沈璟、刑部主事孙如法相继上言，结果再度被罚。朱翊钧的态度犹如一石激起千层浪，朝中大臣立即纷纷上书，建议朱翊钧今早册立长子朱常洛为太子，以破除流言。而在上书请立太子的同时，大臣们更是指责后宫干政，直指宠冠后宫的郑贵妃。
对于犹如纸片一般砸来的奏章，明神宗朱翊钧也懒得再进行批复，一律置之不理，而朝臣们则是前仆后继，在奏折不断的同时，更是在朝会时不断提及，结果朱翊钧一气之下干脆眼不见心不烦，连朝会也不参加了。
朱常洛被立为太子，梃击案后国本之争结束
在这场旷日持久的交锋中，申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵等四任内阁首辅被迫辞退，中央即敌方官员三百多人参与其中，其中一百多人被罢官、廷杖、解职、发配充军。直到万历二十九年(1601年)，在李太后的干预下，朱翊钧这才不得不立皇长子朱常洛为长子。
朱常洛被立为太子之后，其他诸子也相继被加封为王，其中朱常洵为福王、朱常浩为瑞王、朱常润为惠王、朱常瀛为桂王。然而，被立为太子的朱常洛仍然备受冷落，除了太子的名义之外，根本没有享受到与之相对应的待遇，而福王朱常洵则长期逗留京师，根本不离京就藩。
为了防止事情发生变故，大臣们又纷纷上书要求福王尽快离京，然而朱翊钧却是一拖再拖，直到万历四十二年(1614年)，大臣们以郑皇贵妃和福王朱常洵意图谋害太子为名再度上书弹劾，福王朱常洵这才前往洛阳就藩。
万历四十三年(1615年)五月，男子张差手持木棍闯入太子朱常洛所居住的慈庆宫，击伤守门太监，意欲行刺太子，幸好太子内侍韩本用及时赶到将其逮捕，史称梃击案。后经审讯，张差交代说是有一老太监收买自己，并将自己带到慈庆宫，指示自己打杀遇到之人，尤其是穿黄袍者(太子朱常洛)，但却并未交代收买自己的太监是谁。
之后，万历帝又令员外郎陆梦龙再度提审，这才诱使其说出实情，原来背后指使之人便是郑贵妃手下的太监庞保和刘成。于是，朝臣们怀疑郑贵妃仍不死心，这是想要谋杀太子朱常洛，王志、何士晋、张问达等人更是职责外戚郑国泰“专擅”。
后太子朱常洛出面，郑贵妃这才得以逃过一劫，只是处死了张差一人。然而，郑贵妃虽然未因梃击案受到惩处，但她的势力却就此一蹶不振，朱常洛的太子之位这才得以稳固。至于梃击案到底是郑贵妃指使，还是太子自导自演的苦肉计，则已经无人知晓了。
